Stigmata「聖痕」，指的是在人類身上出現，擁有特殊宗教意義的印記。 錫安自幼失去記憶，曾目睹整個村莊慘遭屠殺，僥倖倖存的他被人救起，之後一心只想過上平凡生活，如今在鄰村的神殿中擔任見習祭司。 某天，他偶然救了大祭司帕爾貝洛涅，並在對方的好意之下被帶到聖國的首都吉翁。 五年後，錫安因為擁有「不該擁有之物」而被關入地牢，遭到聖王西耶納斯的嚴刑拷問，在極度痛苦中，他得知背叛自己的，竟是那位曾深信不疑的大祭司──帕爾貝洛涅。含恨斷氣的那一刻，他以為一切都結束了… 然而卻在下個瞬間，在五年前的「聖王即位典禮」之日，在那個名為「西耶納斯」的男人身上睜開了眼睛。